Celem Dni Jana Pawła II jest upamiętnienie osoby Świętego Jana Pawła II i popularyzacja jego dziedzictwa w społeczności akademickiej Krakowa i całej Małopolski. Decyzja o organizacji pierwszych Dni Jana Pawła II została podjęta w 2006 r. przez Kolegium Rektorów Szkół Wyższych Krakowa.